Sommaren 1968 tog Ivar Westerlund på Aspö initiativ till diskussioner om att skapa ett skärgårdsmuseum i Stavsnäs. Bland dem som deltog i diskussionerna fanns eldsjälen Lars Westerberg på Runmarö. Föreningen Skärgårdsmuseet bildades den 23 februari 1969 med Lars Westerberg som ordförande. Han är fortfarande aktiv i museiverksamheten både som nestor och ordförande i Föreningen Skärgårdsmuseet.
Museiföremål började samlas in huvudsakligen från Vindö, där en mycket stor andel kom från syskonen Vivan och Alfred Andersson på Lillängen, och från Djurö, Nämdö, Runmarö och Stavsnäs men även från andra öar i skärgården. Man hade ingen permanent lokal för föremålen, utan till en början visades föremålen i en ambulerande utställning runtom på öarna. 1973 ställdes föremålen ut i den gamla lärarbostaden vid byskolan i Stavsnäs. Föreningen Skärgårdsmuseet deltog 1973–74 i en större skärgårdsutställning i dåvarande Moderna Museets filial på Skeppsholmen i Stockholm under 55 dagar. Då fick museet många nya medlemmar.
När Föreningen Skärgårdsmuseet bildades fanns affären i Stavsnäs Sommarhamn kvar som Byrströms efterträdare (se metallskylt i museets gamla handelsbod) och senare som ICA snabbköp fram till 1973, då affären lades ner. Den 30 september 1973 hyrdes affärsfastigheten ut till Föreningen Skärgårdsmuseet av ägarna till affären och pensionatet, Inez Byrström och hennes dotter Ulla. Samtidigt fick museet rätt att köpa fastigheten, om det skedde före den 31 december 1974.
Föreningen Skärgårdsmuseet köpte fastigheten i god tid innan erbjudandet om köp löpte ut. I köpet av fastigheten ingick affärens brygga och en mindre bod vid bryggan. Den boden revs senare. En större bod framför museet ägdes av Värmdö kommun. Den boden har Skärgårdsmuseet fått disponera från och med starten 1974. I januari 2019 köptes boden av Föreningen Skärgårdsmuseet för en symbolisk summa plus dryga lantmäterikostnader.
Skärgårdsmuseet invigdes den 6 juli 1974 av dåvarande kommunalordföranden Thorsten Rolf. Föreningen Skärgårdsmuseets medlem Margareta Kjellberg, som var sommarboende i Barnvik, underhöll med sång och musik. Äntligen hade Föreningen Skärgårdsmuseet fått en egen permanent visningslokal för alla sina museiföremål!
Föreningen Skärgårdsmuseet fick också en egen logga. Den är ritad av konstnären Harald Lindberg (1901–1976). Hans barn äger rättigheterna till loggan och Skärgårdsmuseet har tillstånd att använda den.
